• Chemia organiczna i fluoroorganiczna
• Synteza modyfikowanych zasad kwasów nukleinowych
• Synteza fluorowanych analogów nukleozydów
• Reakcje 1,3-dipolarnej cykloaddycji
• Fluorowane pochodne piperyny i kurkuminy

Najważniejsze publikacje:

1. W. R. Dolbier, H. Wójtowicz, C. R. Burkholder, ”New Zinc Difluoro carbenoid Reagent”, J. Org. Chem. 1990, 55, 5420-5422.
2. N. B. Thornton, H. Wójtowicz, T. Netzel, D. W. Dixon, ”Intramolecular quenching of porphyrin fluorescence by a covalently linked ferrocene in DNA scaffolding”, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2101-2110.
3. H. Wójtowicz-Rajchel, J. Szczepkowska-Sztolcman, A. Katrusiak, K. Golankiewicz, ”Novel ring contraction of 6-azauracil derivatives”, Tetrahedron 2000, 56, 5909-5914.
4. H. Wójtowicz-Rajchel, M. Migas, H. Koroniak, “Simple synthesis of some pentafluoropropenyl derivatives of pyrimidine and purine based on addition-elimination reaction”, J. Org. Chem. 2006, 71, 8842-8846.
5. H. Wójtowicz-Rajchel, H.Koroniak, A. Katrusiak, “A convenient method for the synthesis of stable fluoro enamines of nucleobases”, Eur. J. Org. Chem. 2008, 2, 368-376.
6. H. Wójtowicz-Rajchel, M.Pasikowska, A. Olejniczak, A. Kartusiak, H. Koroniak, „Fluorinated enamines of nucleobases as precursors of nucleoside analogues. Synthesis, spectroscopic and structural studies”, New J. Chem. 2010, 34, 894-902.
7. H. Wójtowicz-Rajchel, H. Koroniak, „Synthesis of 5-fluorovinyl derivatives of pyrimidines via Suzuki-Miyaura coupling and their 1,3-dipolar cycloaddition reactions with nitrones”, J. Fluorine Chem. 2012, 135, 225-230.
8. H. Wójtowicz-Rajchel, “Synthesis and applications of fluorinated nucleoside analogues”, J. Fluorine Chem. 2012, 143, 11-48.
9. M. Kuprianowicz, M. Kaźmierczak, H. Wójtowicz-Rajchel, ”The nitrogen inversion in fused isoxazolidinyl derivatives of substituted uracil: synthesis, NMR and computational analysis”, Structural Chem. 2016, 27, 1265-1278.
10. M. Kuprianowicz, M. Kaźmierczak, E. Muszyńska, K. Bzdęga, H. Wójtowicz-Rajchel, ”1,3-Dipolar cycloaddition in the synthesis of trifluoromethyl-substituted isoxazolidinyl derivatives of nucleobases”, J. Fluorine Chem. 2018, 212, pp. 112-121.
11. H. Wójtowicz-Rajchel, M. Kaźmierczak, ”Chemo-, regio-, and stereoselectivity in 1,3-dipolar cycloaddition of piperine with nitrones. A cycloadditive route to aminoalcohols”, New J. Chem. 2020, 44, 6015-6025.