Associate ProfessorMirosław Gilski

Associate Professor

Zainteresowania badawcze i osiągnięcia:

  • Rozwiązanie, udokłanienie i analiza pierwszej struktury monomeru proteazy retrowirusowej przy pomocy modelu zbudowanego przy pomocy gry komputerowej Foldit. Pierwszy przypadek wykorzystania potencjału, intuicji i zdolności graczy gry komputerowej do rozwiązania rzeczywistego i ważnego problemu naukowego.
  • Walidacja i korekta modeli PDB struktur białek koronowirusa SARS-CoV-2.
  • Opracowanie protokołów zastosowania metod i procedur makromolekularnych do rozwiązywania trudnych przypadków struktur supramolekularnych.
  • Zastosowanie dedykowanego protokołu do rozwiązania i udokładniania chimery DNA-RNA – wielodomenowe zbliźniaczenie i skomplikowana pseudosymetria.
  • Analiza i korekta stereochemicznych więzów stosowanych w udokładnianiu struktur białek i kwasów nukleinowych. Wyniki zostały włączone do bibliotek więzów zależnych od konformacji (CDL).

Kariera:

  • 1987: Mgr
  • 2001: Dr
  • 2016: Dr hab.
  • badanie struktur białek i kwasów nukleinowych z ultrawysoką rozdzielczością
  • badania strukturalne egzotycznych form kwasów nukleinowych
  • badania strukturalne alergenów białkowych
  • badania strukturalne amidohydrolaz w kontekście chorób nowotworowych
  • badania krystalograficzne kompleksów supra/makro-molekularnych
  • rozwijanie metodologii krystalografii makromolekuł
  • walidacja i korekta modeli białek koronowirusa SARS-CoV-2

Najważniejsze publikacje:

  1. Gilski, M. & Sadygov, R.G. (2011). Comparison of Programmatic Approaches for Efficient Accessing to mzML Files. J. Data Mining Genomics Proteomics 2, doi: 10.4172/2153-0602.1000109
  2. Khatib, F., DiMaio, F., Cooper, S., Kazmierczyk, M., Gilski, M., Krzywda, S., Zabranska, H., Pichova, I., Thompson, J., Popovic, Z. et al. (2011) Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Nature Struct.Mol. Biol., 18, 1175-1177.
  3. Gilski, M., Kazmierczyk, M., Krzywda, S., Zabranska, H., Cooper, S., Popovic, Z., Khatib, F., DiMaio, F., Thompson, J., Baker, D. et al.(2011) High-resolution structure of a retroviral protease folded as a monomer. Acta Cryst. D67, 907-914.
  4. Gilski, M., Drozdzal, P., Kierzek, R. & Jaskolski, M. (2016). Atomic resolution structure of a chimeric DNA-RNA Z-type duplex in complex with Ba2+ ions: a case of complicated multi-domain twinning. Acta Cryst. D72, 211-223, (okładka).
  5. Luo, Z., Dauter, Z. & Gilski M. (2017). Four highly pseudosymmetric and/or twinned structures of d(CGCGCG)2 extend the repertoire of crystal structures of Z-DNA,  Acta Cryst. (2017). D73, 940-951, (okładka).
  6. Gilski, M.,  Zhao, J.B., Kowiel, M., Brzezinski, D., Turner, D.H., Jaskolski, M. (2019). Accurate geometrical restraints for Watson-Crick base pairs.  Acta Cryst. B75, 235-245.
  7. Kowiel M., Brzezinski D., Gilski M., Jaskolski M. (2019). Conformation-dependent restraints for polynucleotides: the sugar moiety. Nucleic Acids Res. 48, 962–973.
  8. Wlodawer A., Dauter Z., Shabalin I.G., Gilski M., Brzezinski D., Kowiel M., Minor W., Rupp B., Jaskolski M. (2020) Ligand-centered assessment of SARS-CoV-2 drug target models in the Protein Data Bank, FEBS Journal, doi: 10.1111/febs.15366. (okładka, wydanie specjalne: Covid-19)
  9. Gilski M., Bernatowicz P., Sakowicz A., Szymański M.P., Zalewska A., Szumna A., Jaskolski M. (2020) C60 in a peptidic cage: a case of symmetry mismatch studied by crystallography and solid-state NMR. Acta Cryst. B76, 815-824, DOI: 10.1107/S2052520620009944.
  10. Brzezinski D., Kowiel M., Cooper D.R., Cymborowski M., Grabowski M., Wlodawer A., Dauter Z., Shabalin I.G., Gilski M., Rupp B., Jaskolski M., Minor W. (2020) Covid-19.bioreproducibility.org: A web resource for SARS-CoV-2-related structural model. Protein Sci. 30(1), 115-124.